CB125R-i kompaktne 124,9-kuubikuline DOHC 4-klapiline vedelikjahutusega ühesilindriline motor on loodud tunnetama tegeliku maailma sõidutingimusi. Kuna kütusekulu on (WMTC režiimil) 45,5 km/l, suudab CB125R sõita täispaagiga üle 460 km.